摩尼教，又作牟尼教，为公元3世纪中叶波斯人摩尼所创立，受基督教与伊朗祆教马兹达教义所影响，是一种带有诺斯底主义色彩的二元论宗教。主要教义为“二宗三际论”，崇尚光明。摩尼声称自己是神的先知，也是最后一位先知。摩尼教对粟特影响很大，在世界各地广泛传播。摩尼教在唐朝传入了中国，明教一词特指本土化的摩尼教。
摩尼教的根本教义，为二宗三际。二宗指明暗，也即善恶。三际指初际、中际、后际，初际阶段，明暗是分开的。中际阶段，黑暗侵入光明，光明与黑暗斗争，两者混合。后际阶段，明暗重新分开。从教义来看，摩尼教具有强烈的末劫思想与拯救世人的思想，这些对于日后与中国民间宗教融合都是必不可少的。
未有天地之时，只有善恶二宗。善宗即光明王国，最高神被称为伟大之父（汉文摩尼经称大慈父、明尊），他有感觉、推理、思维、想象和意志等五大荣耀（相、心、念、思、意等五种国土），仁爱、信仰、忠实、慈善和智慧等五种精神品质（怜悯、诚信、具足、忍辱、智慧等五施）。他与光明、威力、智慧是四位一体（清净、光明、大力、智慧）。在他的四面住着十二个神，每面三个（十二常住宝光王）。恶宗被称为黑暗之王（魔王），住在黑暗王国里。
初际之末，黑暗之王上窥光明王国，五大荣耀为之战栗。伟大之父不欲五大荣耀出战黑暗之王，遂召唤出生命之母（善母佛），生命之母又召唤出初人（先意佛），初人召唤出他的五个儿子（五明佛：清净气、妙风、明力、妙水、妙火）作为自己的甲胄，去驱逐黑暗。但是初人被打败，五明子被五类魔所吞噬。当初人苏醒过来后，向伟大之父呼救七次，于是伟大之父第二次召唤，先唤出光明之友（乐明佛），光明之友唤出大般（造相佛）；大般（即建筑之神）唤出活灵（净风佛）。活灵唤出他的五个儿子：光辉卫士（持世明使）、尊贵之王（十天大王）、阿大姆斯（降魔胜使）、荣耀之王（催光明使）和持地者（地藏明使）。他们一起来到黑暗王国，活灵呼唤初人，初人作了回答。这一呼一应产生了两个神，一为呼神（说听），一为应神（唤应），分别成为活灵及初人的第六子。“净风、善母二光明使，入於暗坑无明境界”，救出先意。但是，“五类魔黏五明身，如蝇著蜜，如鸟被li，如鱼吞钩。”五明子无从得救。
从此教义的中心就是如何救出被五类魔吞噬的五明子。这就必须建立宇宙。“净风明使以五类魔及五明身二力和合，造成世界十天八地，如是世界即是明身医疗药堂，亦是暗魔禁系牢狱。”这个世界由活灵五子管理。活灵又净化那些被吞噬的光明，造成日月星辰。然后，生命之母、初人和活灵向伟大之父祈祷，伟大之父进行了第三次召唤，召唤出第三使（日光佛），第三使召唤出十二童女（Twelve Virgins，汉文摩尼经称电光佛）。第三使“或现童男微妙相，癫发五种雌魔类”，十二童女则“或现童女端严身，狂乱五种雄魔类”，使五类魔身上吸收的光明分子射泄出来，掉地上变成各种动植物。植物比动物包含更多的光明分子。
净风造成世界作为囚禁暗魔的牢狱，“于是贪魔见斯事已，於其毒心重兴恶计，即令路yi（叙利亚文Ashqalun）及业罗泱（Namrael）以像净风及善母等，於中变化，造立人身，禁囚明性，放（＝仿）大世界。如是毒恶贪欲肉身，虽复微小，一一皆放（＝仿）天地世界。……喻若金师，摸（＝模）白象形，写指环内，於其象身，无有增减。人类世界，亦复如是。……其五明身，既被如是苦切禁缚，废忘本性，如狂如醉。”
贪魔造立的人身，就是人类始祖亚当和夏娃。亚当根本不意识到自己的灵魂是光明分子，原来属于光明王国。当五个天使看到这种情况时，就要求生命之母、初人和活灵派神去解救亚当。他们遂派光明耶苏（汉文摩尼经称光明夷数或夷数佛）去启示亚当。光明耶苏向亚当显现在天之父、亚当自己的本性及其被囚禁在肉体之中的痛苦，并让亚当尝了生命之树（常荣树），学得了神秘的灵知——诺斯（Gnosis）。人类只有掌握诺斯才能得救，这是诺斯替派共有的主要思想，摩尼教也不例外。
光明耶苏拯救亚当，实际上是以后历代明使拯救人类的蓝本。因此，光明耶苏在摩尼教诸神中具有特殊地位，献给他的诗篇特别多，《赞夷数文》歌颂他“自是明尊怜悯子，复是明性能救父，自是诸佛最上兄，复是智慧慈悲母”。亚当虽然获得了诺斯，但是仍然受了夏娃的诱惑，生了第一个孩子塞特（Seth）。因为亚当比夏娃身上有更多的光明分子，塞特被魔鬼视为异类，幸得诸神保佑和亚当抚育，得以长大成人和行善终生。人类便是塞特的后裔。
为了拯救一代又一代人类中义人的灵魂，“又复净风造二明船（即日月），於生死海运渡善子，达於本界，令光明性究竟安乐。”义人的灵魂是通过光耀柱从月亮转到太阳，再进入新乐园的。光耀柱既是神（汉文摩尼经借用佛教术语，称卢舍那佛），又是灵魂到达日月宫殿，以至最后回归涅pan常明世界所要经过的境界（汉文摩尼经称卢舍那境界）。怨魔贪主见净风造了二明船，“生嗔gou心，即造二雌雄等形，以放（仿）日月二大明船，惑乱明性，令升暗船，送入地狱，轮回五趣，备受诸苦，卒难解脱。”伟大之父从魔王控制下解救明性的斗争仍未获胜，需要另一位神帮助人类得到解脱。
“若有明使，出兴於世，教化众生，令脱诸苦，……犹如国王破怨敌国，自於其中妆饰台殿，安置宝座，平断一切善恶人民，其惠（慧）明使，亦复如是。”慧明使又称慧明佛，即大诺斯（Great Nous），他是光明耶苏召唤出来的，是一切使者之父，一切教会之首。慧明使在人间的化身先是犹太教旧约圣经中记载的人类始祖亚当的一些后裔：塞特、挪亚（Noah）、亚伯拉罕（Abraham）、闪（Shem）、以挪士（Enosh）、以诺（Enoch）；然后是真正宗教的创立者：佛陀、琐罗亚斯德、弥赛亚耶苏。慧明使最后的、最完美的化身就是摩尼。《摩尼教残经》歌颂明使：“三界独尊，普是众生慈悲父母，亦是三界大引导师，亦是含灵大医疗主，……亦是上天包罗一切，亦是实地能生实果，……亦是死中与常命者，亦是众生明性中性，亦是三界诸牢固狱解脱明门。”这既是对慧明使的，也是对摩尼的颂词。
当摩尼教获得大部分人类的信奉之后，光明分子的解脱几近完成。这时光明耶苏会第二次降临，称为智慧世界之神（汉文摩尼经译称具智法王），他将建立法庭，自任审判者（汉文摩尼经称平等王），把正义者和邪恶者分开。之后，支撑世界的光耀柱和活灵诸子将离开，天地随之崩溃，爆发出一场大火，这场大火将持续1468年。生命之思（Thought of life，即汉文摩尼经中的“唤应警觉声”）将以最后的相貌（the LastStatue，即汉文摩尼经中的“本相貌”）出现，收集一切遗留的光明分子，上升到新乐园。黑暗魔王及其他恶魔将被囚禁，新乐园将重新并入光明王国，这就是后际。
光明与黑暗对立的二元论、过去——现在——未来的三际论、最后的大战等教义，渊源可能是琐罗亚斯德教。摩尼教最高神伟大之父，已经高度抽象，不像犹太教的上帝干涉人间事务。旧约中创造世界的耶和华的角色在摩尼教中降低为由净风来扮演，净风在摩尼教科普特文史料中就被称为造物主。基督教中的耶苏形象在摩尼教中变得多元化了，主要表现为大神光明耶苏和光明使者弥赛亚耶苏，摩尼以耶苏的使徒自居。这些地方都可以看出犹太教——基督教的重大影响。
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