咒语与祈祷已有数千年的历史，可以说从原始民族的宗教起就早已出现。而在佛教初期，释迦佛陀最早虽反对过使用咒语，但当他看到很多人患有消化不良等疾病很痛苦时，最终还是出于悲悯之心，将“消除宿食陀罗尼”等诸多祛病咒语传授给了弟子。在当今佛教中，密宗比显教更加重视咒语与祈祷的应用。难道说，咒语与祈祷真的有那样神奇的作用吗？近年来通过大量的科学研究证明：咒语与祈祷确实有一定的道理，特别是在医治某些疾病方面更会显示出它的神奇功效。
据《大正藏》卷五十中记载：唐人神智（819年—886年），从12岁起就开始不断持诵《大悲咒》。20岁出家为僧后，遍游西南等地区并以大悲水为人治疗各种疾病，为民众广称之谓“大悲和尚”。另一个故事中讲到：门下员外郎吴宏之妻吴氏虔信观音，她在一间清静的小室中备有几只装大悲水的瓶子，许多生病的人喝了这些加持过的水后很快就会痊愈。更神奇的是这些大悲水可以保持很久不坏，冬天甚至不会结冰，人们因此都称她谓“观音院君”。
历史上除用《大悲咒》为人治病以外，在佛教中还有许多消病咒语。如：呼、鲁、西、里、嗡、资、哇、资、那、轰、啪、拖。在持咒之前，要先焚香并三拜观音菩萨。然后诵祈祷文：“唯愿观音大士慈悲，赐我大悲神水，用以治疗我（或某某人）的（某某）疾病，以期日后修习佛法早日开智慧救度众生。”随后跪在地下用双手托杯并念咒语49遍，而每念一遍需向杯内水吹一口气。满49遍后将杯举至头顶，重复念一遍祈祷文后三拜观音菩萨称谢，此后即可将水服下。
《药师经》曰：“若见男子、女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清静澡漱，或食、或药，或无虫水、咒一百零八遍，与彼服食，所有病苦，悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是无病延年。”
1932年印光大师在苏州报国寺闭关期间，家住西华桥巷的吴恒荪之母突然病危，但不巧的是此时吴恒荪又去了北京。在万般无奈的情况下，吴妻只好令家人到报国寺求印光大师救助。大师得知此事后二话不说，立即对一杯水持咒三遍后让家人带走命患者速服，很快吴恒荪之母就转危为安并在不久疾病痊愈。那么咒语的力量真有那么大吗？确实如此，而且在当前已被科学家所证实。
我们知道，人体患病的原因很多都是因外界的病毒、病菌侵入人体造成。然而在几年前，中国健康饮用水专业委员会主任李复兴则提出一种新的理论，即：人体患病及衰老还与水的污染与退化有关。科学研究发现，水分子是由六角、五角、四角等形态的众多分子团紧密连在一起构成。但只有六角形的水分子，才是自然界中最清洁、最美丽的原始“生命活水”。
六角形是由六个水分子组成，其本身结构非常稳定，一般也不会与其它分子粘合，所以它的分子团非常细小、活泼、有很好的溶解力、渗透力、代谢力和扩散力，它能轻易穿透生物体的细胞外膜，将氧气、养分、矿物质等微量元素带进细胞。它同时还有易和人体垃圾附着的特性，从而可使生物体内的废物顺利排出体外。而其它形式的水分子因很容易和周围的物质结合故体积较大，因此不易进入细胞有效发挥其滋养人体的作用。
科学研究还证实：水在人体中不仅参与所有营养物质的代谢，而且参与遗传物质的重组；水不但是物质代谢的媒体，而且还是信息传递的载体。但如果我们体内的垃圾不能及时排除，如果我们体内的细胞得不到充足的养分，那么就会使人体加速衰老甚至患病。而对一个健康的人体来说，“生命活水”的总量应保持在一半以上，初生婴儿体内的水几乎都是美丽的六角形。但随着年龄的增长，体内的“生命活水”也会逐渐减少，这也就是人体为什么会衰老及患病的一个重要原因。
然而在自然界中，由于人为污染及不良信息的干扰等原因，目前只有在地球的两极与人烟稀少的高山峻岭，才能找到具有六角形图案的“生命活水”。而由李复兴教授率先提出的“水退化”理论，在如今已引起联合国卫生组织的高度重视。
那么，我们有什么办法才能得到六角形的“生命活水”呢？首先应该肯定的一点是，目前用物理和化学手段是不好做到的。如用过滤及加化学的方法虽可去掉工业废水中的有害成份但却无法将被污染的水恢复到先天纯水应有的六角形结构。因为被污染过的水，会导致其分子结构从有序状态变为无序状态，尽管净化后污染不存在了，但由污染带给水的有害信息却仍留在水中。所以说我们只要给水注入如“大悲咒”、“南无阿弥陀佛”一类的良性信息，就可很容易地改变水的分子结构。而这种难以理解的神秘方式，在当前已被科学证明确实有效。
美国生物学家赖特曾经说过：“精神是普遍存在的，它不但存在于生物及它们的细胞中，而且也存在于原子、分子和基本粒子中。”早在上个世纪的1994年，日本INM研究所的医学博士江本胜通过摄影机观察放大了的水结晶体时发现：当我们给水以感谢、神圣、关爱一类赞扬的美好语言、文字等信息时，水的结晶体是既美丽又规整的六角形状。但当我们给水加以咒骂、痛恨及悲哀的信息时，水就会变成十分散乱、难看的结晶体。
更奇怪的是当科学家不用语言和文字而只用意念给水试验时，水依然能够感觉到给它的好坏信息。科学家们又将水的样本拿到寺院或教堂，结果发现经过诵经的水晶体形状最为美丽。科学家们还将一锅米饭煮熟后分别装在两个玻璃瓶中试验，结果过了一段时间后发现：贴有感谢、友好字样的瓶子米饭变成了微黄色，吃起来味道也要比以前好得多。但贴有愤怒、辱骂标签瓶子的米饭不仅颜色完全变黑，而且还发出了难闻的恶臭。江本胜博士最后说：经科学证实，人的意念和情感是完全可以改变水分子的结构，并且还可以影响到我们的身体。
2006年元月，俄罗斯生物研究所的科学家斯坦尼斯拉夫•泽宁与日本的江本胜博士合作又发现：当他们将世界各地的自来水与各大洲的泉水及荒郊地下水比较观察时，发现绝大部分城市自来水的结晶体都显示模糊不清、形态丑陋。而各大洲泉水及荒郊地下水的结晶体，却都是如宝石首饰那样令人为之神往的六角形结构。另外科学家还发现，不论你用任何一个国家及民族的语言、文字，都可使水的结晶体产生神奇的变化。科学家们还将个别具有不同形态和重量的雪花晶体分别融化后再将它们冻结，发现重新冻结的雪花晶体形态和重量与融化前竟完全一样。科学家们又让水倾听不同的乐曲，结果水也会以不同的结晶形态表达不同的感觉。
祈祷是宗教仪式及宗教活动中的一种常见手段，它既可以表达我们对神灵、佛祖及菩萨们的一种尊崇，又可向被祈祷者倾诉或祈求信仰者的心愿。大家知道：祈祷首先能够摆脱我们在日常生活中所遇到种种不悦的消极情感，从而可得到精神上的寄托和安慰，但这只是祈祷作用中的极小部分。而当祈祷者由强烈信念产生的心力去感应被祈祷者的悲愿力时，还会产生出一种能量十分巨大的神力，从而就可解除我们的痛苦及治疗许多疾病。这种宗教活动确实是有效的，并且在这里还包含许许多多的科学道理。
据2003年4月14日《参考消息》报道：经科学证实，任何宗教仪式都能带来某种预想的效果。当我们长时间地向某一佛像或神像祈祷时，就会在它们身上“录下”某种声音及由高功修持者发出的良性信息。而当我们虔诚地向佛像或神像求助时，这种有益的信息与求助者就会发生共振沟通，从而可治疗某些病症。
另外科学家们还认为：不要小看信徒们在病人床前诵读经文或向神明求助的宗教习俗，它确实是有不可思议的实际效用。巴尔锱尔大学的生物学博士帕维尔•加西科夫在通过大量观察研究后指出：“精神世界利用的是比物质世界更高级的振动作用，就像某种东西可以促使灵魂净化和伤口愈合”。
2001年的《生殖医学杂志》曾公布了由哥伦比亚大学三位研究人员进行的一项科研结果。他们发现：如果对体外受精的妇女进行祈祷，能够使其妇女的受孕率达到50%，而这个比例竟是未接受祈祷者受孕率的两倍以上。另据《内科医学档案》期刊发表的研究报告显示：美国哈佛大学研究人员对2055人进行调查发现，有69%的人认为祈祷对自己的病情好转大有帮助。获得诺贝尔医学奖的卡欧尔曾经这样说过：“祈祷是产生能量最强的一种形式。”
佛教中的咒语与祈祷的力量确实是不可估量的。但只有是真诚地、发自内心地持咒、祈祷与诵经，才能真正地体验到这里面的巨大威力。故印光大师曾在他写的《大悲咒水持法》一文中说：“咒水治病当发至诚恳切心，方有灵验。”另外，咒语是借助口型传音发出的一种内动力。是在超常态下，在意识朦胧中发出的高能量信息。但能量的大小因人而异，质量和效果也不相同。一般来说，念咒要熟练操作万次以上才能以心应咒，咒力的大小与念咒人内在的功力大小成正比。所以说，咒语并不是泛泛而念就可生效。
然而对于一个正信的佛教徒来说，尽管持咒、诵经与祈祷有不可思议的作用，但并不是万能可包治百病。当我们患了严重的疾病时这些活动是可以做的，但也决不能放弃医治。因为疾病是由多方面因素造成，所以治疗还需对症下“药”。即便是在释迦世尊时代，当比丘们患病后通常也会多用医药诊治。
善咒可以使人坚强、无畏，从而增强持诵者的心理免疫力，从而有益于增强其生理的免疫力。因此，历史上记载的咒语能够治疗许多种病，也就不足为奇了。在早期的经典中，如《四分律》卷二十七、《十诵律》卷四十六等，就提到咒语能治腹内虫病、治宿食不消、治毒、治齿。以后，出现了不少专门以治病为主要内容的陀罗尼经，这些经典中不仅列出了所治病患的名称，还记录了具体咒语的内容和持诵的方法。如《佛说咒时气病经》、《佛说咒目经》、《佛说咒齿经》、《佛说咒小儿经》、《佛说疗痔病经》、《除一切疾病陀罗尼经》、《能净一切眼疾陀罗尼经》、《佛说护诸童子陀罗尼咒经》等，这些经书里所记载的都是用咒法治疗时气病、眼病、齿病、小儿病、痔病等。
在其他经典中，也常记录一些专用于治病的咒语。《法苑珠林》卷第六十杂咒部第七汇集的咒语，可治疗妇产科病、热病、头痛、耳聋、牙痛、腹痛、宿食不消、中毒、癞病疮病、腋臭、疟病、业报病等。有：佛说止女人患血之因陀罗尼咒、佛说妇人产难陀罗尼咒、佛说除灾患诸邪恼毒咒、蛇蝎毒陀罗尼咒、疗百病诸毒陀罗尼咒、观世音菩萨说灭罪得愿陀罗尼咒、观世音菩萨说除卒得腹痛陀罗尼咒、观世音菩萨说除中毒乃至已死陀罗尼咒、观世音菩萨说除种种癞病乃至伤破陀罗尼咒、疗腋臭鬼咒、疗疟病鬼咒、疗不得下食鬼咒等等。
咒语治病的具体方法非常丰富，根据不同的经典、时代和传承，会有很大的差异。有自己持咒护身调治疾病的，有咒师持咒为他人治病的。咒语可以直接作用于身体，也可以通过被咒语加持过的物品而发生作用。如经过加持的丝线类，或挂在脖颈上，或系于腰间，或缠于手臂。再如经过加持的护身符。这些内容，早已成为一方习俗，而被视为平常之事。此外，咒水治病，一直广为流传。《佛说神水咒疗一切病经》中称，对水井、池塘、江河、泉眼，持诵佛说的神水咒三遍，饮者百病皆除。据《北史》载，“沙门惠怜者，自云咒水饮人，能差诸病。病人就之者，日有千数。”而各高僧传所载咒水治病者，不胜枚举。
印光法师说：“须知律为教禅密净之基址，若不严持禁戒，则教禅密净之真益莫得，如修万丈高楼，地基不固，则未成即坏。”所以说，欲学经咒者，须先从持戒入手。不能住菩萨戒，也须能持五戒。况杀盗淫妄是性戒，无论你信不信佛，受戒未受戒，犯戒者都要受地狱的苦报。
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